В январе 1598 г. умер царь Федор. После него не осталось никого из Калитиной династии, кто бы мог занять опустевший престол. Присягнули было вдове покойного, царице Ирине; но она постриглась. Итак, династия вымерла не чисто, не своею смертью. Земский собор под председательством того же патриарха Иова избрал на царство правителя Бориса Годунова.
На престоле. Борис и на престоле правил так же умно и осторожно, как прежде, стоя у престола при царе Федоре. По своему происхождению он принадлежал к большому, хотя и не первостепенному боярству. Годуновы – младшая ветвь старинного и важного московского боярского рода, шедшего от выехавшего из Орды в Москву при Калите мурзы Чета. Старшая ветвь того же рода, Сабуровы, занимала видное место в московском боярстве. Но Годуновы поднялись лишь недавно, в царствование Грозного, и опричнина, кажется, много помогла их возвышению.
Борис был посаженым отцом на одной из многочисленных свадеб царя Ивана во время опричнины, притом он стал зятем Малюты Скуратова-Бельского, шефа опричников. Женитьба царевича Федора на сестре Бориса еще более укрепила его положение при дворе. До учреждения опричнины в Боярской думе не встречаем Годуновых; они появляются в ней только с 1573 г.; зато со смерти Грозного они посыпались туда, и все в важных званиях бояр и окольничих. Но сам Борис не значился в списках опричников и тем не уронил себя в глазах общества, которое смотрело на них, как на отверженных людей, «кромешников», – так острили над ними современники, играя синонимами «опричь» и «кроме».