Спустя год после ядерной войны и вспышки вируса, уничтоживших мир и оставивших в живых около ста тысяч человек, одинокий выживший покидает свой обустроенный бункер в Москве. На поверхности царит пустота: небо скрыто серыми облаками, а флора мутировала.

Объединившись с первым встреченным человеком, герой за десять лет собирает общину из пятидесяти выживших. Они создают сеть укрепленных убежищ, строят транспорт и начинают масштабную экспансию по Подмосковью. Однако вылазка в Балашиху оборачивается ловушкой — группу захватывает жестокое «общество веры», приносящее чужаков в жертву гигантскому зомби-лабиринту.

Потеряв товарищей, но вернувшись домой, герой организует ответный удар. Финальная цель общины — полное уничтожение главного логова зараженных в больнице Боткина и других баз с помощью уцелевших ракетных шахт ПВО. Успешный запуск завершает десятилетнюю борьбу за безопасность, открывая человечеству путь к возрождению на руинах старого мира.