Третьим препятствием, и, наверное, самым сложным, является недовольство родителей участием Церкви в образовательной сфере. Так, не редко проведение религиозно-нравственных бесед священниками в школах заканчивается жалобами на это законных представителей учащихся, на что естественно вынуждены реагировать директора школ. Таким образом, возникающие локальные конфликты препятствуют реализации поставленной правительством Российской Федерации цели возрождения духовно- нравственных ценностей молодежи путем знакомства их с исторически сложившимися и закрепившимися традиционными религиозными верованиями.

Четвертой и наиболее вопиющей проблемой является недостаточно качественное исполнение Министерством образования поставленных перед ним Правительством Российской Федерации задач в сфере духовно-нравственного воспитания молодого поколения. Конечно, введение в программу курса «Основы религиозных культур и светской этики» – это положительное явление, однако отсутствие внесения необходимых правок в учебные пособия по другим дисциплинам негативно сказывается на всем образовательном процессе обучения. Действительно, представим как на одном уроке дети с уважением к статусу учителя, внимательно слушают красноречивого педагога, который рассказывает им о творении Богом всего видимого и невидимого мира, создании первых людей и т.д. Следом они приходят на другой урок и слышат от иного не менее красноречивого преподавателя, что все произошло естественно, путем эволюции. Разве не подорвет это доверие к учтителям у еще юных детей? Разве не внесёт путаницы в их сознание? Более того, теория эволюционного развития, в отличие от религиозной, открыто преподносится преподавателями как научная истина на протяжении всех 9 классов, и лишь в 10 учащиеся сталкиваются с альтернативными гипотезами. Девять лет наше молодое поколение взращивается таким образом только на учении что они животное, некогда родственное обезьяне, и в лучшем случае мельком слышит о религии на курсе «Основы религиозных культур и светской этики». Здесь уже даже не столь важно, что, по сути, такое навязывание эволюционной теории представителями системы образования близко к пропаганде основ атеизма, сколько подрыв доверие учащихся к преподавателю и сведение к нулю всей роли курса «Основ религиозных культур и светской этики».

Пятая проблема в последнее время стала гораздо меньше, но все же имеет место быть. Ее суть состоит в том, что иногда курс «Основ религиозных культур и светской этики» читается не выборочно по направлению, а поверхностно проходится целиком. Минус такого подхода не заметен на первый взгляд если не учитывать, что все это преподается детям 10-13 лет. Быстрый поверхностный экскурс по всем традиционным мировым религиям, в пересмешку с эволюционной теорией на других предметах, не может закрепить ни целостного понимания той или иной религиозной мысли, не дать духовно-нравственного воспитания.